1945（昭和20）年8月6日午前8時15分、広島に原子爆弾が投下されました。爆心地から2.7キロメートルに位置する善法寺は全壊を免れたものの、本堂と庫裏は甚大な被害を受けました。天井は落ち、瓦やガラスが飛び散り、爆風を東から受けた本堂は大きく西へ傾き、その傾きは、2009（平成21）年の修復工事まで残っていました。
当時、住職の前田道雄（第十五世）は中国・上海で布教に従事しており不在。前住職の至道は広島市中心部の門徒宅にお参りに向かう途中でした。寺にいたのは前坊守のツナ（62歳）、住職の長男 至正（5歳）、次男 至成（2歳）。激しい爆風で、ツナの頭にはガラスが突き刺さり、至成は庫裏の奥から境内へ吹き飛ばされました。至正も吹き飛ばされて意識を失い、気がつくと片方のまぶたが青く腫れていました。その後、泣きながら祖母を探したことを、今でも鮮明に覚えていると至正は言います。至道は、原爆投下時、寺から程近い場所でたまたま知り合いに出会い立ち話をしていたため致命傷を負わず、煤だらけになって帰ってきました。
被爆後、善法寺は救護所の役割を担い、また、遺体収容所としても使われました。亡くなった方々は旭橋西詰めの土手で火葬され、戦後しばらくは善法寺で遺骨の受け渡しが行われていました。なお、中区・寺町で全焼した広島別院は、1945年12月から翌年5月まで善法寺に教務所を置き、寺務を行っていました。
戦後、善法寺は門徒の皆さまに支えられ、幾度もの修復を重ねてきました。原爆の爆風によって西に傾いた本堂は、平成の大修復で傾きが正され、戦前の姿を今日に伝えています。広島市の被爆建物に指定されたこの本堂と、境内の銀杏や桜の古木は、原爆をくぐり抜け、今も静かに立ち続けています。
被爆銀杏
被爆桜